III. Keplers Standpunkt
Kepler wurde von einer Art inneren Zerrissenheit geplagt, bezüglich der „richtigen“ Theologie. So schrieb er in einem Brief an den Theologieprofessor Matthias Hafenreffer,
der nur zehn Jahre älter war und der ihm in Tübingen am nächsten stand: „Im Jahr 1583 fing ich an soweit einsichtig zu sein, dass, als ich in Leonberg in Württemberg eine Predigt aus dem Römerbrief von einem jungen Diakon hörte, der überaus weitläufig die Calvinisten widerlegte, mich tiefer Kummer über die Kirchenspaltung quälte. Immer wieder geschah es mir, dass mich ein Prediger, der sich über den Sinn der Schriftworte mit seinen Gegnern auseinandersetzte, nicht befriedigte, und wenn ich sie im Text selbst gelesen hatte, mir die Auslegung der Gegner, wie ich sie aus der Wiedergabe des Predigers erfahren hatte, eine gewisse Überzeugungskraft zu haben schien.“ Weiter schrieb er von seiner Adelberger Zeit und den dort predigenden Praeceptoren: „Überaus weitläufig widerlegten sie das Zwinglianische Dogma vom Heiligen Abendmahl. [Anm.: Ulrich Zwingli: schweizerischer Theologe, der für eine Abschaffung der Traditionen der Kirche war, die nicht biblisch begründet waren, wie z.B. Heiligenbilder, Klöster, Beichte, Fastengebot, Firmung, Prozessionen und Krankensalbung, und sich damit dem Unmut der Katholischen Kirche aussetzte.] Sie brachten mich in große Unruhe, und nicht selten hatten ihre dringenden Ermahnungen (nämlich wir sollten die Verzerrungen der Calvinisten gut im Auge haben und uns davor in Acht nehmen) die Folge, dass ich, in die Einsamkeit zurückgezogen, selbst mit mir nach einer Entscheidung zu suchen begann, was nun eigentlich umstritten sei? Welcher Weise die Teilnahme am Leib Christi sei? Und wie ich meine Verstandeskraft anstrengte, brachte ich gerade die als vernünftigste heraus, die ich später von der Kanzel als die calvinistische abweisen hörte.“ Kepler war also zu dem Entschluss gekommen, Jesus Christus sei beim Abendmahl nicht leibhaftig, wie es die lutherische Kirche kundgab, sondern nur im Geiste, wie es die calvinistische Lehre publizierte, anwesend. Doch diese Vorstellung entsprach wie gesagt nicht der der protestantischen Kirche.
Somit unterschrieb Kepler auch nicht die bereits erwähnte Konkordienformel, die die von Kepler nicht für richtig gehaltenen Ubiquitätslehre enthielt und die jeder angehende Pfarrer zu unterschreiben hatte. Er schrieb später, seine Berufung nach Graz habe ihn einer Entscheidung in diesem Konflikt enthoben. Doch seine anhaltende Weigerung führte schlussendlich dazu, dass man ihn 1612 aus dem Abendmahl ausschloss, mit der Begründung es gehe um sein Seelenheil. Kepler, der unter dem Ausschluss litt, wehrte sich zwar dagegen, doch es war zwecklos.
Doch während er der lutherischen Abendmahlslehre widersprach, konnte er auf der anderen Seite die calvinistische Prädestinationslehre nicht nachvollziehen, er hielt sie für unmenschlich und mochte das Bild eines teils rettenden, teils verdammten Gottes nicht.
Und auch mit der Katholischen Kirche konnte sich Kepler nicht anfreunden. Hier störten ihn das Papsttum und die damit einhergehende Hierarchie und der Anspruch der Kirche, sie könne allein die heilige Schrift richtig auslegen. Keplers Einstellung besagte, dass jeder Christ bei ernsthaftem Studium die Schrift frei und gleichzeitig wahrheitsgemäß auslegen könne.
Keplers Probleme mit der theologischen Lehre jener Zeit waren also nicht wie die Galileis auf naturwissenschaftliche Streitfragen – wie der des Weltbildes – bezogen, sondern ihm ging es um die Christologie (= Lehre, die sich mit der Person Jesu Christi beschäftigt und diese theologisch ausdeutet).
Was Kepler außerdem verurteilte, war die Intoleranz zwischen den Vertretern der einzelnen Lehren, die mangelnde Friedensbereitschaft. Er selbst war diesbezüglich viel offener und in seinem Denken unabhängig. So prüfte er auch gegenteilige oder sogar verächtete Lehre und nahm sie ernst. So bewog ihn beispielsweise „der Blick auf die Barmherzigkeit Gottes [...] zu der Meinung, dass den Heiden nicht Verdammung schlechthin bestimmt sei.“
Keplers Vorstellungen zufolge sollte unter Christen brüderliche Liebe, zwischen Menschen Friede und zwischen Konfessionen eine versöhnliche Harmonie herrschen.
Alles in allem lässt sich sagen, dass Johannes Kepler sich in keiner Konfession „aufgehoben gefühlt hat“. Er stand viel mehr zwischen den Fronten und konnte sich mit keiner Lehre vollkommen identifizieren. Er hätte eigentlich nur Mitglied einer vereinten vernünftigen und friedlichen Kirche sein können, die es in dieser Form aber nicht gab.