II. Kirchliche Zustände zu Keplers Zeit
Zu Keplers Lebzeit waren Theologie und Naturwissenschaft eng miteinander verbunden. So erschütterten besonders die neuen Erkenntnisse bezüglich des neuen kopernikanischen Weltbildes die bestehende Weltanschauung der Theologen, wurde doch dieser „Angriff auf das geozentrische Weltbild“ als ein Angriff auf Kirche und Religion verstanden. Zuvor galt das ptolemäische Weltbild, das die Erde im Zentrum des Universums sieht (geozentrisches Weltbild) als unantastbar. Doch nun sollte der Mensch diese „privilegierte Rolle“ verlieren und Gott sollte plötzlich bei der Schöpfung einen anderen Himmelskörper als den der Menschen in den Mittelpunkt gerückt haben: die Sonne (heliozentrisches Weltbild). Hiermit galt es erst einmal klarzukommen. Doch vor allem die römisch-katholische Kirche hatte hiermit Probleme. So drohte Anhängern des kopernikanischen Weltbildes die Inquisition. Das bekannteste Opfer dieses falschen Konservatismus ist wohl Galileo Galilei.
Ein weiterer entscheidender Streitpunkt zwischen den Konfessionen, der auch Kepler zu schaffen machte, war die Frage nach der Art der Anwesenheit Christi, vor allem bezüglich des Abendmahls. So heißt es in den Einsetzungsworten zum Abendmahl: "Nehmet hin und esset, das ist mein Leib...." Daran hängt das Heil, die Gemeinschaft mit Gott, die uns im Abendmahl geschenkt wird. Geht es nun aber nicht nur um den reinen Glauben, sondern um das rationale Verstehen, treten Schwierigkeiten auf. War es möglich, dass der Leib Christi überall dort anwesend sein konnte, wo ein Abendmahl gereicht wurde? Diese Fähigkeit Gottes beziehungsweise Christi bezeichnet man als Ubiquität (=Allgegenwärtigkeit).
Die Glaubensrichtungen zur Zeit Keplers und ihre theologischen Ansichten:
Protestantische Kirche:
Dies ist die Kirche, der auch die Familie Kepler angehörte. Um 1520, also etwa 50 Jahre vor Keplers Geburt, wurde von Martin Luther eine kirchliche Reformbewegung ausgelöst, die als Luthertum bezeichnet wurde (auch um sie von anderen Bewegungen wie zum Beispiel der calvinistischen abzuheben).
Luther berief sich auf die „reine Lehre des Evangeliums“. Hauptaussage des Evangeliums ist laut des Luthertums die Rechtfertigung des Sünders allein aus Glauben. So werde Sünde allein durch die Gnade Gottes vergeben. Dementsprechend müssten sich Kirche, Menschen und Glaube nicht an anderen Überlieferungen, Traditionen oder Gesetzessammlungen, sondern allein an der Schrift messen lassen. Geläufig sind diesbezüglich die sola-„Gesetze“: sola gratia (allein aus Gnade), sola fide (allein im Glauben), solus Christus (allein Jesus Christus) und sola scriptura (allein die Schrift).
Das „neue“ Weltbild betreffend stand für die lutherische Lehre ohnehin fest: Wenn der Leib Christi mit der Gottheit allgegenwärtig ist, ist es falsch, noch von einem Himmel jenseits der Fixsternspähre, wie dem coelum empyreum der Tradition, zu sprechen.
Wie man daran schon sieht, beschäftigte man sich auch hier mit der Ubiquitätslehre. Diese war in der Konkordienformel (lat. Formula concordiae, Eintrachtsformel, auch das Bergische Buch) aus dem Jahre 1577 enthalten. Diese Konkordienformel war die letzte symbolische Schrift der lutherischen Kirche und sollte Zerwürfnisse innerhalb Deutschlands, die nach Luthers Tod entstanden waren, klären. In dieser Formel waren sowohl das evangelische Glaubensbekenntnis, als auch die Abendmahllehre dargelegt. Letztere besagte eben unter anderem, dass Christi während des Abendmahls durch seinen Geist und nicht körperlich anwesend sei. Hierbei stützte sich die Kirche auf Martin Luthers Erklärung: Er vertrat „die Lehre von der persönlichen Vereinigung der beiden Naturen“ und schlussfolgerte somit: „Ein Leib kann auf dreierlei Weise gegenwärtig sein: Gegenständlich wie Dinge, ungegenständlich wie Engel und Geister und übernatürlich, wie allein Gott gegenwärtig ist. Auf die zweite und erst recht auf die dritte Weise kann auch der Leib Christi im Abendmahl gegenwärtig sein.“
Die Bedeutung des Abendmahls war für die lutherische Theologie allgemein sehr weitreichend. So entschied die Teilnahme an diesem über Glaube und Unglaube, über Heil oder Unheil. Wer an Christi Leib teilhabe, der sei bei Gott, der sei erlöst und der habe ewiges Leben.
Abschließend ist noch zu betonen, dass sich die protestantische Kirche jener Zeit alles andere als tolerant gezeigt hat. Als Beispiel sei hier nur die Verweigerung der protestantischen Länder, sich mit der Katholischen Kirche auf einen einheitlichen Zeitkalender zu einigen. Der Grund lautete wie folgt: Der Gregorianische Kalender sei eine „aus Mutwillen und Bosheit entstandene Missgeburt – denn ein Protestant lasse sich vom Antichristen nicht in die Kirche läuten!“.
Calvinismus:
Hierzu gehörten die Anhänger der Lehre des Theologen, Kirchenreformers, Humanisten und Pfarrers Johannes Calvin (eigentlich Jean Cauvin, 1509-1564). Aus dieser Lehre entwickelte sich später auch der Puritanismus. 
Calvin versuchte, die Spekulation über Gott betreffende Fragen so gering wie möglich zu halten und lieber dessen Worte in den Vordergrund zu rücken.
Bezüglich des Abendmahls hielten sich die Anhänger des Calvinismus auf das gegebene Gebot Christi: "Tut dies zu meinem Andenken...", die Darreichung von Wein und Brot betreffend. Man vertrat zwar die Meinung, dass Christi persönlich die göttliche und menschliche Natur miteinander vereinige (=Zweinaturenlehre; auch von Lutheranern anerkannt), aber man war auch davon überzeugt, dass Eigenschaften der göttlichen Natur nicht auf die menschliche Natur übertragen werden könnten. Dies war ein großer Streitpunkt mit den lutherischen Theologen, schließlich hatte Christus ja in den Einsetzungsworten zum Abendmahl seine ganze Gegenwart verheißen; nicht nur die seines Geistes. Da darin die Art der Gemeinschaft mit Gott beziehungsweise Christus und damit die Gewissheit des Heils hing, war die calvinistische Lehre der härteste Gegner des Luthertums und nicht wenige schwankten zwischen den beiden Ansichten.
Anstelle dieser Gewissheit von Heil, die den Lutheranern beim Abendmahl gegeben wurde, trat bei den Calvinisten eine andere „Sicherheit“, die Prädestinationslehre. Diese Lehre (lat. praedestinatio: Vorherbestimmung) stellt eine „absolute Souveränität Gottes“ dar und sagt aus, dass das Schicksal eines Menschen und damit auch sein Heil oder Unheil von Gott vorbestimmt ist. Genauso entscheide laut Calvin auch Gott über Vergebung und Erlösung, den einen habe er dazu erwählt, dem anderen sei ewige Verdammnis vorbestimmt. Jedoch sei der Mensch laut Prädestination nicht gänzlich ohne eigenen, freien, menschlichen Willen, so sei lediglich das endgültige Schicksal vorbestimmt, über den „Weg“ dorthin entscheide jeder selbst, indem er frei handelt.
Römisch - Katholische Kirche:
In der Katholischen Kirche herrscht seit je her eine klare Hierarchie durch das Papsttum. So bestätigte sie auch als Reaktion auf die Reformation die im Lauf der Jahrhunderte entstandenen Traditionen, die zu Angriffspunkten des Protestantismus geworden waren, verteidigte die scholastische Theologie, betonte die Gültigkeit der Sakramente und die Vorrangstellung des Papstes.
Als Reaktion auf den protestantischen Grundsatz der alleinigen Autorität der Heiligen Schrift (sola scriptura), bestätigte das Konzil von Trient (1545 - 1563), dass die christlichen Offenbarungsquellen sowohl die „schriftlichen Werke” wie auch die „mündlichen Traditionen” umfassen. Obwohl in dem erlassenen Entscheid ausführlich und fast ausschließlich von der Bibel die Rede ist, wurde der Zusatz über die „mündliche Tradition” als Hinweis auf eine Zweiquellentheorie gedeutet.
Neben der Autorität der Heiligen Schrift erklärt die katholische Lehre jedoch auch Dogmen und Praktiken, die durch die Kirchentradition legitimiert werden, aber nicht in der Bibel enthalten sind, für gültig.
Prekär ist auch, dass das kirchliche Lehramt den Anspruch erhebt, alleinig bemächtigt zu sein, die Schrift gültig auslegen zu können und die Gültigkeit dogmatischer Lehren bestimmen zu können..
Was die Frage nach der Ubiquität anbelangt, vertrat die Katholische Kirche stets die Auffassung, der beständigen Anwesenheit des Heiligen Geistes in der Kirche. In der Eucharistie, bei der Brot und Wein in Leib und Blut Christi verwandelt wird (Transsubstantiation), glauben die Katholiken an die Realpräsenz Christi.
Wichtig zu erwähnen ist auch die Inquisition, die sich die Katholische Kirche jener Zeit als Druckmittel zu Nutzen machte und auf Grund der so mancher Fortschritt zunächst im Keim erstickt wurde. Der Fall Galilei wurde ja bereits erwähnt.
Johannes Kepler wurde übrigens katholisch getauft. Doch dies hing nur mit der politischen Situation in Weil der Stadt zusammen, erzogen wurde er wie gesagt protestantisch.